項目を追加した。金額も入力しているが給与計算しても反映されない。

給与支給明細書に登録されていない可能性があります。
【給与支給明細書レイアウト】画面で対象の支給区分に
該当の項目が【給与支給明細書レイアウト設定】の画面で、
追加した項目が表にレイアウトされているかご確認ください。
レイアウトされていなければ、レイアウト追加後に再度、
給与一括計算を行ってください。
また、【給与台帳レイアウト】【賃金台帳レイアウト】画面にも
追加した項目がレイアウトされているかご確認ください。