資金収支計算書と資金収支内訳表『総計』欄の金額が異なる。 （経費など部門按分する科目）

部門按分が按分されずに、内訳表に反映していないと思われます。
資金収支月報で共通部門を限定して出力し、『按分純額後残高』に金額が
残っていれば、部門按分登録や該当の仕訳を見直してください（仕訳入力で
検索ボタンを押下し、按分タブで、「按分未設定」にチェックをつけ検索）